綜保區“保稅一日游”是“出口入區”及“進口出區”作業高度關聯，為解決貿易、稅收、監管制度面臨難題的方案，其運行全部在海關、外匯、國稅等監管體系內，符合法律法規要求。但也有不法企業違規操作，這一直是各個部門高度關注、保持打擊態勢的風險對象：
偽洋貨、中國造
例如，前些年的達芬奇家具事件，企業利用特殊區域洗白國產家具身份，再以外國高檔家具名義進口，進行虛假宣傳，誤導消費者高價購買。
利用“道具柜”騙取手冊核銷
這主要體現在大宗商品加工貿易（如棉花）。據媒體報道，不法企業使用同一輛車采用“一日游”方式循環進出區，以達到非法核銷手冊目的。
虛假貿易
不法企業以左手倒右手方式增加賬面流水，虛增貿易數額，美化財務報表，提高信貸授信額度。此前，有的不法企業利用境內外利率、外匯差價，同一商品開展“一日游”作業密集往返，實現跨境貿易套利。