保稅物流，是指經營者經海關批準，將未辦理納稅手續進境的貨物從供應地到需求地實施空間位移過程的服務性經營行為。隨著經濟全球化及國際物流多元化發展，保稅物流功能及業態從單一倉儲、物流配送轉向供應商管理庫存、全球配送、大宗散貨混配、展示交易、金融質押等高端業態，以滿足跨國采購、區域配送中心、高端制造等現代物流及生產企業需求。保稅物流的功能及業態如下：
保稅倉儲
國際、國內生產及消費所需的大到海上鉆井平臺、大型遠洋貨輪、飛機、大宗礦石、玉米棉花等農產品、工業原料如各種塑料顆粒等，小到芯片、筆記本電腦、手機、高端游戲機，以及奶粉、食品飲料、化妝品等電商熱銷商品，除國家禁止進出口貨物外，保稅倉儲貨物幾乎涵蓋了生產及生活的全部商品。綜保區內貨物可以來源于國內、國外，也可以是區內生產。
緩征稅款
相對于一般貿易進口時一次性支付貨物全部稅金，貨物進入綜保區后緩稅，待國內客戶有需求時，再納稅出區銷售；在國外行情較佳時，可以出區運至國外銷售。例如，貿易商將天然橡膠運入臨近國內外交通樞紐、中國橡膠集散地的某綜合保稅區內，根據行情在我國賣出或運往其他國家銷售。
國際及國內物流配送
在保稅倉儲的基本功能上，可以綜合利用綜保區臨近國內外物流樞紐、國內外貨物同時聚集、暫緩征稅、整進分出、分送集報等優勢，發展面向國際及（或）國內的配送中心。例如，某高端品牌汽車生產商，在綜保區內建立汽車維修零部件亞太地區配送中心，將從歐洲采購的零配件集中運往綜保區倉儲，根據國內分銷商及4S店、亞太地區10多個國家或地區的訂單需求，提供24小時配送服務。與將配送中心設在歐洲或者零部件采用一般貿易完稅后進口相比，以上做法可以同時響應我國及亞太其他國家或地區需求，縮短配送時間，降低配送成本。
一線進出境免證
綜保區與境外之間進出的貨物，除有特殊規定的少量商品外（如精神藥品、特殊種類凍魚），原則上不實行進出口配額、許可證件管理。屬于配額、許可證件管理的貨物，出區進入國內或者國內貨物出口入區時，才需要提供配額、許可證件。企業可以將進口時需要提交許可證件、配額的商品先行進口至綜保區內，為辦理相關許可證件爭取時間，獲得證件后再通關進口至國內。除了配額、許可證件管理外，減免稅貨物也可以享受有關優惠，如我國遠洋漁業自捕水產品，在國外海域捕獲并運回國內后，先行存入綜合保稅區或者保稅倉庫等保稅監管場所，待辦理完相關減免稅手續后再進口至國內銷售。
物流增值服務
綜保區內物流企業可以對保稅貨物開展流通性簡單加工和增值服務，主要是分級分類、組合包裝、打膜、刷貼標志、改變包裝、拼裝等輔助作業，以更利于運輸或實現商品增值。例如，某知名電腦銷售公司，將多家國內工廠生產的顯示器、鍵盤、機箱等在綜保區內裝配組裝，再將整機出口至歐美發達國家，改變此前各個工廠先將組件分別出口至中國香港或美國，再利用當地昂貴勞動力組裝的境況。有的企業將從中國香港或者毗鄰國家（地區）進口的大理石或花生等在綜保區進行挑選（篩選）、分級、重新裝箱后，再運至中國香港，雖產生額外倉儲及運輸費用，但相比在中國香港作業，成本仍然較低。
展示交易
區內企業可以在綜保區規劃面積以內、圍網以外綜合辦公區專用的展示場所，或者綜合保稅區以外其他固定經營場地舉辦商品展示、銷售活動。企業開展展銷活動招商，供潛在國內客戶或消費者進行實物測評、貿易洽談，節省出國考察成本。雙方達成交易后，再辦理納稅等通關手續進入國內流通；如果貨物無法在國內交易，可以返回綜保區內擇機再次進入國內展示交易，或者轉運至其他國家或地區。
進口貨物預檢
某國內工廠進口電子元器件，因生產需要對料件精度要求極為嚴格，進口至廠內檢測發現質量問題后退運出境、調換后再次進口，作業及退換周期長且成本高。后來工廠改變運作模式，先將元器件進口至綜保區內進行質量預檢測，質量合格的料件進口報關后運至工廠投產，不良品在綜保區內暫存，積累到定量后退運回原產國修復，操作手續簡便，有效降低了成本。
貨物整進分出
貨物可以大批量從境外或者國內入區，根據客戶需求零星出區，實現貨物小批量、多批次地運往境外或國內，避免整批貨物一次銷購、納稅的壓力。